Türkiye’de idrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının antibiyotiklere direnç durumu: Bir meta-analiz

Abstract

Escherichia coli ülkemizde hem hastane hem de toplum kaynaklı üriner sistem enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkendir. Ülkemizde E.coli suşlarının antibiyotik duyarlılıkları ile ilgili farklı merkezlerde yapılmış çok sayıda yayın bulunmaktadır. Bu çalışma ile Türkiye’de 1996-2012 yılları arasında idrar kültürlerinden izole edilen E.coli suşlarının antibiyotik direnç değişimlerinin meta-analitik incelenmesi amaçlanmıştır. PRISMA bildirisine uygun olarak planlanan ve yürütülen meta-analiz çalışmamızda; literatür tarama, kabul ve red kriterlerinin belirlenmesi, makale incelenmesi, veri toplanması ve istatistiksel analiz yapılmıştır. Amaca bağlı olarak literatür taraması Google Scholar ve PubMed arama sayfalarında yapılmış; belirlenen kabul ve red kriterlerine göre uygun makaleler seçilerek incelenmiştir. Çalışmaların verileri ve antibiyotik direnç oranları ortak bir birim altında toplanmıştır. Verilerin toplanması aşamasında eksik bulunan bilimsel yayınlar değerlendirmeye alınmamıştır. Elde edilen verilerin istatistiksel analizleri %95 güven aralığında yapılmış; p≤ 0.05 değeri anlamlı düzeyde farklılık olarak kabul edilmiştir. Sonuçta 1996- 2012 yılları arasında yayınlanan 228 makaleye ulaşılmış; uygunluk kriterlerine göre bunlardan 101’ine meta-analiz uygulanmıştır. Yıllara göre; nitrofurantoin ve piperasilin antibiyotiklerine dirençte azalma, siprofloksasin, sefepim, kotrimoksazol ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) oranlarında ise artma izlenmiştir. Siprofloksasin, sefepim ve GSBL oranlarındaki artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p< 0.05). 2002-2012 yılları arasında çocuk hastaların ampisilin, amoksisilin-klavulanat ve amikasin antibiyotiklerine karşı direnç oranlarında azalma saptanmış ve farkın anlamlı olduğu belirlenmiştir (p< 0.05). Coğrafi bölgeler arasında seftriakson, imipenem, gentamisin ve amikasin antibiyotik direncinin homojen olmadığı gösterilmiş ve amoksisilin-klavulanat, sefuroksim, siprofloksasin direncinde istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır (p< 0.05). Hastanede yatan hastalardan izole edilen suşların direnç oranları, imipenem haricinde, poliklinik hastalarının oranlarından daha yüksek bulunmuştur. Bu hastalar arasında ampisilin, amoksisilin-klavulanat, sefuroksim, seftriakson, trimetoprim-sülfametoksazol, gentamisin, siprofloksasin, amikasin ve sefepim dirençleri arasında anlamlı istatistiksel fark tespit edilmiştir (p< 0.05). 1996- 2012 yılları arasında idrar kültürlerinden izole edilen E.coli suşlarının antibiyotik direnç sonuçlarının oldukça farklı olduğu ve çok sayıda çalışmanın sadece laboratuvar verilerine dayandığı izlenmiştir. Yapılan meta-analize göre, ampirik tedavide sık kullanılan antibiyotiklere karşı direnç oranlarının yüksek olduğu dikkati çekmiştir. Sonuç olarak, ülkemiz verilerinin sistematik olarak değerlendirilmesiyle oluşan bilgi birikiminin, uygun antibiyotik seçiminde ve gereksiz antibiyotik kullanımının önlenmesinde değer taşıyacağı düşünülmüştür.

Escherichia coli is the most frequently isolated microorganism from both community-acquired and nosocomial urinary tract infections in Turkey. A large number of studies concerning antibiotic suscepti- bility of E.coli have been published from differrent centers throughout the country. The aim of this study was to evaluate the antibiotic resistance patterns of E.coli strains isolated from urine cultures by a meta- analysis in published medical literature between the years of 1996-2012 in Turkey. The study was plan- ned and conducted in accordance with the declaration of PRISMA and describes the methods of literature search, the determining criteria for inlusion and evaluation of articles, data collection and statistical analysis. To find the published series Google Scholar and PubMed international databases were used to access published manuscripts evaluated according to the determined criteria for acceptance and rejection. For each study, general data and antibiotic resistance rates were collected as a common unit. Publications considered as lacking in appropriate content was eliminated from the study. Statistical analysis of the data obtained were 95% confidence intervals, and p&amp;#8804; 0.05 value was considered as significant dif- ference. A total of 228 articles were found to be published during 1996-2012 period, while 101 of them were included in the meta-analysis according to the eligibility criteria. The analyses indicated that nitro- furantoin and piperacillin resistance rates have been decreased, whereas ciprofloxacin, cefepime, co-tri- moxazole and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) positivity rates have been increased during the study period. The increases in the rates of ciprofloxacin and cefepime resistance and and ESBL production were statistically-significant (p&lt; 0.05). A significant reduction in resistance rates for ampicilin, amo- xicillin-clavulanate, and amikacin was noted in pediatric patients between 2002-2012. Ceftriaxone, imipenem, gentamicin and amikacin resistance were not homogenous between the geographical regions, and statistically significant differences were observed for amoxicillin-clavulanate, cefuroxime and ciprof- loxacin resistance rates (p&lt; 0.05). Antibiotic resistance rates, except for imipenem, in bacterial strains, isolated from hospitalized patients were found significantly higher in strains obtained from outpatients. The differences between those groups were significant in terms of ampicilin, amoxicillin-clavulanate, cefuroxime, ceftriaxone, trimethoprim-sulfamethoxazole, gentamicin, ciprofloxacin, amikacin and cefepime resistances (p&lt; 0.05). It has been noted that antibiotic resistance patterns of E.coli strains isolated from urine cultures between 1996-2012 demonstrated significant variability, and many studies were based only on laboratory data. The results of this meta-analysis demonstrated that the resistance rates in commonly-used antibiotics for empirical therapy were high. In conclusion, information obtained by systematic evaluation of national data will be valuable for the determination of optimal antibiotic regimens and in prevention of unnecessary antibiotic use.